| Title: | Spatial and Behavioral Analysis of Heatmaps |
|---|---|
| Description: | Tools for processing heatmap images, removing backgrounds, calculating automatic arena calibration, and extracting behavioral metrics such as thigmotaxis index, Gini behavioral coefficient, and center of mass. |
| Authors: | Natallia Maia [aut, cre], Isabel Velasco [aut], Thalita Bezerra [aut] |
| Maintainer: | Natallia Maia <[email protected]> |
| License: | GPL-3 |
| Version: | 0.1.0 |
| Built: | 2026-09-24 09:41:44 UTC |
| Source: | https://github.com/cran/heatmapbehavior |
Calcula o Indice de Tigmotaxia, Gini Comportamental, Distancia Media ao Centro e o Centroide de Permanencia ponderados pela intensidade do mapa de calor.
calculate_metrics(processed_heatmap, block_size = 8)calculate_metrics(processed_heatmap, block_size = 8)
processed_heatmap |
Objeto retornado pela funcao |
block_size |
Tamanho do bloco em pixels para a grade do Gini (padrao 8). |
Uma lista com as 4 metricas calculadas e tabelas resumo.
# Criando dados simulados para testar a funcao sem precisar carregar uma imagem mock_data <- data.frame( x = c(10, 20, 30, 40), y = c(10, 20, 30, 40), zona = c("Centro", "Centro", "Borda", "Borda"), intensidade = c(0.9, 0.8, 0.4, 0.1), dist_centro = c(2, 5, 15, 18) ) mock_geometry <- list( centro_x = 15, centro_y = 15, raio = 20, limite_borda = 10, limites_eixos = c(0, 50, 0, 50) ) mock_heatmap <- list(data = mock_data, geometry = mock_geometry) # Executando a funcao calculate_metrics(mock_heatmap)# Criando dados simulados para testar a funcao sem precisar carregar uma imagem mock_data <- data.frame( x = c(10, 20, 30, 40), y = c(10, 20, 30, 40), zona = c("Centro", "Centro", "Borda", "Borda"), intensidade = c(0.9, 0.8, 0.4, 0.1), dist_centro = c(2, 5, 15, 18) ) mock_geometry <- list( centro_x = 15, centro_y = 15, raio = 20, limite_borda = 10, limites_eixos = c(0, 50, 0, 50) ) mock_heatmap <- list(data = mock_data, geometry = mock_geometry) # Executando a funcao calculate_metrics(mock_heatmap)
Gera um grafico contendo o rastro do animal, a divisao da arena e o Centroide de Permanencia.
plot_behavior(processed_heatmap, metrics)plot_behavior(processed_heatmap, metrics)
processed_heatmap |
Objeto retornado pela funcao |
metrics |
Objeto retornado pela funcao |
Um grafico ggplot2.
Esta funcao le a imagem do mapa de calor (PNG/JPEG), remove o fundo branco e calcula as coordenadas do centro geometrico e raio util da arena.
process_heatmap(file_path, proportion_center = 0.8)process_heatmap(file_path, proportion_center = 0.8)
file_path |
Caminho para o arquivo de imagem do heatmap. |
proportion_center |
Proporcao do raio para definir a zona central (padrao 0.8). |
Uma lista com o dataframe de pixels ativos e metadados geometricos.